Program Magister dan Doktor Fakultas Ilmu Agama Islam Universitas Islam Indonesia (PPs FIAI UII) didirikan sebagai salah satu upaya untuk menghadapi tantangan perkembangan sains, teknologi, informasi, serta kajian keislaman yang demikian pesat dengan menyiapkan sumber daya manusia yang memiliki keahlian dan integritas keilmuan serta religiusitas keislaman.

Program Studi Magister Ilmu Agama Islam (Prodi MIAI) Berdiri sejak September 1997, memiliki konsentrasi bidang studi Ekonomi Islam,  Pendidikan Islam dan Hukum Islam.

Program Studi Doktor Hukum Islam (Prodi DHI) Berdiri sejak Juli 2010, memiliki konsentrasi bidang studi Hukum Islam dan Hukum Ekonomi Syariah.

Sejak 2000 hingga kini, PPs FIAI telah mendapatkan akreditasi A dari BAN-PT. Prestasi ini dilengkapi dengan berdirinya Program (S3) Doktor Hukum Islam pada tahun 2010 yang juga telah terakreditasi.

Rencana Gedung Baru FIAI di UII Terpadu Jl.Kaliurang Km 14.5 Sleman Yogyakarta. Ditargetkan Selesai pembangunan gedung tahun 2021.